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近日,由中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所與北京基因組所合作開發(fā)的犬科動(dòng)物數(shù)據(jù)庫(kù)iDog正式上線。
家犬毫無(wú)爭(zhēng)議是人類最好的朋友之一,同時(shí)也是許多人類遺傳病的基礎(chǔ)研究模型。iDog是第一個(gè)家犬與野生犬科動(dòng)物整合性資源數(shù)據(jù)庫(kù),它不僅提供了豐富的組學(xué)數(shù)據(jù)、基因組拼接數(shù)據(jù)、基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)、犬類疾病及相關(guān)表型信息,同時(shí),iDog數(shù)據(jù)庫(kù)還整合了序列比對(duì)工具用于線上數(shù)據(jù)分析,以及基因組瀏覽器用于數(shù)據(jù)可視化。iDog的建立不僅有利于全球范圍內(nèi)犬科動(dòng)物的研究,同時(shí)還為大量的愛狗人士提供了一個(gè)用戶友好的界面查找相關(guān)寵物狗信息。
iDog具有良好的可拓展性和持續(xù)性等特點(diǎn),其包含的主要模塊有基于127個(gè)家犬樣本基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)生的變異信息數(shù)據(jù)庫(kù)、含有32220個(gè)基因的犬科動(dòng)物基因數(shù)據(jù)庫(kù)、基于RNA-Seq測(cè)序數(shù)據(jù)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)、犬科動(dòng)物相關(guān)疾病的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)、人-狗疾病同源信息數(shù)據(jù)庫(kù)、犬科動(dòng)物基因組拼接數(shù)據(jù)庫(kù)等。
iDog計(jì)劃后續(xù)整合更多的組學(xué)數(shù)據(jù),在Dog10K項(xiàng)目的背景下,持續(xù)更新高質(zhì)量的數(shù)據(jù)集,逐步轉(zhuǎn)化成犬科動(dòng)物基礎(chǔ)研究的信息知識(shí)寶庫(kù)。
中科院昆明動(dòng)物研究所王國(guó)棟研究員和北京基因組研究所趙文明正高級(jí)工程師為論文的共同通訊作者。該項(xiàng)目得到了中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、中國(guó)科學(xué)院國(guó)際伙伴計(jì)劃、中國(guó)科學(xué)院“十三五”信息化專項(xiàng)、中國(guó)科學(xué)院關(guān)鍵技術(shù)人才項(xiàng)目、中國(guó)科學(xué)院“百人計(jì)劃”、中國(guó)科學(xué)院青年創(chuàng)新促進(jìn)會(huì)等基金資助。
