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近日，云南農(nóng)業(yè)大學(xué)董揚教授課題組在葡萄屬植物功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫建設(shè)方面取得進展，通過國際知名期刊《分子生物學(xué)》在線發(fā)表研究論文。研究團隊建設(shè)完成我國葡萄遺傳資源的首個原創(chuàng)性數(shù)據(jù)庫，為植物學(xué)家開展葡萄屬植物比較基因組學(xué)分析與葡萄遺傳育種提供了有力的在線分析工具。
葡萄是世界上最古老的果樹樹種之一，葡萄是葡萄屬中栽培最多的水果作物，該屬還含有約60種可育的野生種。盡管葡萄栽培在人類歷史中具有重要的文化內(nèi)涵及經(jīng)濟價值，但大規(guī)?；蚪M遺傳變異數(shù)據(jù)的缺乏導(dǎo)致無法解析其馴化傳播歷史，也嚴重阻礙了葡萄的性狀改良。隨著全球越來越多葡萄屬植物基因組的陸續(xù)解析，及相關(guān)重測序、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等高通量數(shù)據(jù)的積累，研究者迫切需要一個能夠整合基因組、遺傳變異數(shù)據(jù)等多層次數(shù)據(jù)的比較工具，對葡萄屬的特定生物學(xué)特征或基因家族的基因序列、結(jié)構(gòu)等進行比較分析。為此，云南農(nóng)業(yè)大學(xué)教授董揚、盛軍，中科院昆明植物研究所李紹華共同合作，構(gòu)建了首個葡萄屬植物基因組學(xué)網(wǎng)站VitisGDB。
截至目前，網(wǎng)站共收錄了葡萄屬7個物種共22個基因組組裝結(jié)果；收錄并處理了包括1641個重測序數(shù)據(jù)以及相應(yīng)的表型信息；預(yù)測鑒定出9395萬個單核苷酸變異位點（SNP）以及9.7萬個基因共線性關(guān)系。通過整合多種可視化組件與基因組在線比較工具，該數(shù)據(jù)庫將不同類型的數(shù)據(jù)有機整合到了一起，為用戶提供了數(shù)據(jù)檢索、下載和在線分析等服務(wù)，是葡萄遺傳資源領(lǐng)域類目前最全面和易用的數(shù)據(jù)庫。（云南日報 記者陳怡希）
